Estuve buscando estos días y nada, solo encontré el famoso iPodLinux, pero como tu dices es otra cosa, ya que hacer q tu ipod sea como un disco duro es otra cosa.
La soluición que te iva a planetar es justamente, usando el particionador por defecto de Ubuntu... pero como no tengo un iPod Video =( no puedo hacer las pruebas. Ahora ya que como tu dices llegas hasta ese punto y normal, pero el problema ya viene con tu iPod que pierde el firmware.
Ahora teniendo la teoría de que en memorias USBs si he logrado meter un linux y bootear directamente desde ahi, pero no es con Ubuntu sino mas bien con DamSmall Linux, con tan solo 50 megas de tamaño, bootea un entorno gráfico básico, incluye el Mozilla, tal vez lo puedas hacer mas cambios he instalarle porque no el gnome o XFCE.
http://www.damnsmalllinux.org/index_es.html
Saludos, espero que encuentres pronta respuesta ta,bién en la comunidad Ubuntura ;)